Dann gehe ich richtig davon aus, dass eine Thule-Box ohne Probleme auf die Skoda-Träger (ohne Adapter oder dergleichen) passen?
Genau so ist das, ja. Adapter benötigst du nur, wenn du einen Thule-Basisdachträger auf den Enyaq montieren willst. Mit dem Original Skoda-Dachträger erübrigt sich das.
Eine handelsübliche Dachbox sollte auf jeden Fall auf diesen passen.