Genau das ist das Problem. Das Problem ist aber die mangelnde Erfahrung der Skoda Werkstätten. Meine Werkstatt war auch ratlos. Licht im Tunnel gab es erst als sich der Skoda Support aufgeschaltet hat und erklärte, dass eine "nicht autorisierte" Einrichtung vorhanden ist.
Deshalb sollten alle Nachrüster egal ob Selbsteinbau oder ATU etc. vor einem Update IMMER das nachgerüstete Gerät abklemmen.
Nach dem Update dann am besten mit OBD selbst codieren. Hat auch den Vorteil, versteckte Funktionen zu aktivieren. Dazu gibt's ja bekanntlich auch ein Wiki.